С первого дня войны многие иерархи в своих посланиях выразили отношение Церкви к начавшейся войне как освободительной и справедливой, благословили защитников Родины. Послания утешали верующих в скорби, призывали их к самоотверженному труду в тылу, мужественному участию в боевых операциях, поддерживали веру в окончательную победу над врагом, способствуя тем формированию высоких патриотических чувств и убеждений среди тысяч соотечественников.
Характеристика действий Церкви в годы войны будет не полной, если не сказать, что действия иерархов, распространявших свои послания, были противозаконны, так как после постановления ВЦИК и СНК о религиозных объединениях 1929 г. район деятельности служителей культа, религиозных проповедников был ограничен местонахождением членов обслуживаемого ими религиозного объединения и местонахождением соответствующего молитвенного помещения.
Не только на словах, но и на деле Церковь не оставила народа своего, разделила с ним все тяготы войны. Проявления патриотической деятельности Церкви были очень разнообразны. Епископы, священники, миряне, верные чада Церкви, совершали свой подвиг независимо от линии фронта: глубоко в тылу, на передовой, на оккупированных территориях.
1941 г. застал епископа Луку (Войно-Ясенецкого) в уже третьей по счету ссылке, в Красноярском крае. Когда началась Великая Отечественная война, епископ Лука не остался в стороне, не таил обиду. Он пришел к руководству райцентра и предложил свой опыт, знание и мастерство для лечения воинов советской армии. В это время в Красноярске организовывался огромный госпиталь. С фронта уже шли эшелоны с ранеными.
В октябре 1941 г. епископ Лука был назначен консультантом всех госпиталей Красноярского края и главным хирургом эвакогоспиталя. Он с головой погрузился в многотрудную и напряженную хирургическую работу. Самые тяжелые операции, осложненные обширными нагноениями, приходилось делать прославленному хирургу. В середине 1942 г. срок ссылки закончился. Епископ Лука был возведен в сан архиепископа и назначен на Красноярскую кафедру. Но, возглавляя кафедру, он, как и раньше, продолжал хирургическую работу, возвращая в строй защитников Отечества.
Напряженная работа архиепископа в красноярских госпиталях давала блестящие научные результаты. В конце 1943 г. было опубликовано 2-е издание «Очерков гнойной хирургии», переработанное и значительно дополненное, а в 1944-м г. вышла книга «Поздние резекции инфицированных огнестрельных ранений суставов». За эти два труда святителю Луке была присуждена Сталинская премия I степени. Часть этой премии Владыка перечислил в помощь детям, пострадавшим в войне.