Владимиро-суздальский князь Андрей Юрьевич Боголюбский (второй сын ростово-суздальского князя Юрия Владимировича Долгорукого) около 1158 года основал здесь загородную резиденцию — «град камен» Боголюбово[1], в котором также воздвиг храм в честь Рождества Богородицы. Позднейшие источники объясняли выбор места волей Богоматери, либо чрез Владимирскую икону, либо при её явлении князю Андрею (см. Боголюбская икона Божией Матери).
Ансамбль княжеской резиденции включал в себя, помимо храмов, двухэтажный каменный дворец и каменный киворий; замок ограждён каменными стенами (см. одну из реконструкций). «Другого столь значительного комплекса белокаменных зданий мы в домонгольской Руси не знаем», — констатирует Сергей Заграевский[3]. Замок до 1950-х годов считался утраченным, пока Николай Воронин в 1954 году не обнаружил лестничную башню и переход на хоры, соединяющий башню с собором Рождества Богородицы. В XVIII веке над лестничной башней была надстроена шатровая колокольня. Белокаменный храм Рождества Богородицы рухнул в 1722 году, но в 1751–1758 годах был построен вновь[4].
Князь Андрей был убит в своём замке. Предполагаемое место убиения князя Андрея, находящееся под лестницей лестничной башни, сохранилось до настоящего времени[4]. Вероятно, во искупление этого злодеяния и был основан в Боголюбове монастырь. Николай Воронин высказал предположение, что монастырь на территории замка был устроен при преемниках Андрея, в начале XIII века[3], однако ранние сведения об истории обители очень скудны и датируются гораздо более поздним временем. В академических списках древнерусских монастырей он не числится[5].
По грамоте царей Иоанна и Петра Алексеевичей 1687 года обитель стала патриаршим домовым монастырём; в 1753 году — синодальным; позднее перешёл в ведение владимирских архиереев; с 1882 года до закрытия управлялся викариями Владимирской епархии. При учреждении штатов в 1763 году монастырю был усвоен 3-й класс, в 1872 — 2-й, в 1891 году — 1-й. Огромный, грузный собор в честь Боголюбской иконы Божией Матери возведён в 1855—1866 годах в «русско-византийском стиле» по проекту его основоположника, Константина Тона.
В 1921—1923 годы настоятелем был викарий Владимирской епархии епископ Ковровский Афанасий (Сахаров).
3 июня 1923 года монастырь был закрыт; 17 сентября того же года президиум Владимирского уездного исполкома принял решение о передаче всего имущества бывшего монастыря уездному и волостному исполкомам; постановлением того же исполкома от 21 декабря и Владимирского губземуправления от 8 января 1924 года ансамбль бывшего монастыря со всем имуществом передавался в ведение музейного отдела.
В 1991 году часть зданий была передана монашествующим во главе со схиигуменом Никодимом. 14 января 1997 года по решению священноначалия сюда были переведены 60 сестёр из Задонского Спасо-Преображенского монастыря; возникли два монастыря: мужской и женский. После этого началась активное возрождение монастыря.
Собор Боголюбской иконы Божией Матери был полностью оштукатурен, проведено паровое отопление.
В соборе повешены паникадила: центральное весом около 2 т и девять малых боковых; гранитом и мрамором выложен пол, белым мрамором — солея, алтарь, престол, жертвенник и горнее место. Отреставрированы росписи, в 2002 году изготовлен новый трёхъярусный резной позолоченный иконостас.
Возведены хозяйственные постройки, посажен фруктовый сад, отреставрированы келейные корпуса. Есть швейная, иконописная, столярная мастерские. Праздничным звоном оглашают окрестности колокола весом 1050, 2500 и 8000 кг. На святом источнике у стен монастыря выстроена часовня и две купели.
Возрождена традиция крестного хода с Боголюбской иконой Божией Матери, установленного в XVIII века, в память чудесного прекращения по молитвам перед образом страшного морового поветрия. Крестный ход из города Владимира в Свято-Боголюбский монастырь совершается ежегодно 1 июля — в день празднования Боголюбской иконы Божией Матери.
Боголюбская икона Божией Матери — почитаемая чудотворной Русской православной церковью икона Богородицы, написанная в XII веке по повелению Андрея Боголюбского в память о явлении ему Богородицы. Относится к числу древнейших икон русского происхождения. Празднование совершается 18 июня (1 июля).
Боголюбская икона, подобно Владимирской иконе, отличается мягким, возвышенным, «трогательным» письмом.
По преданию, в 1155 году, во время перенесения будущей Владимирской иконы в Залесье из Вышгорода, князю Андрею Юрьевичу в походном шатре явилась Пресвятая Богородица и повелела ему поставить икону во Владимире. На месте явления Богородицы князь основал свою резиденцию (ныне село Боголюбово), для которой повелел написать особую икону, изображающую его видение. Новый образ был поставлен в Боголюбовском замке (по некоторым сведениям, вместе с самой Владимирской иконой). Позднее на месте замка возник Боголюбский монастырь.
По словам искусствоведа Левона Нерсесяна: «Как и любая древняя святыня, икона многократно поновлялась, причём весьма решительными способами, далекими от современных научных методов, и к началу XX века она представляла собой конгломерат из разновременных левкасных чинок и нескольких слоев записи. К тому же она находилась в не слишком подходящих для неё условиях — я имею в виду прежде всего пресловутый температурно-влажностный режим, до которого ни в средневековье, ни в Новое время никому не было дела…».
В августе 1918 года икона была частично раскрыта реставраторами Комиссии по сохранению и реставрации памятников древней живописи во главе с Григорием Чириковым, которые определили её сохранность как плохую. Во 2-й половине XX века она была отреставрирована М. В. Романовой. С 1992 года первообраз иконы находился в Свято-Успенском девичьем Княгинином монастыре во Владимире. После ухудшения состояния с 4 июня 2009 года Боголюбская икона находится на реставрации во Владимиро-Суздальском музее.